Введен в строй в ноябре 2009 года в состав Балтийского флота. Головной катер серии, получивший почетное имя «Нахимовец» в 2014 году.
Проект разработан по заказу Военно-Морского Флота на нижегородском ОАО «Конструкторское бюро «Вымпел». В основу проекта были заложены такие тактико-технические характеристики, как применение новейшего радиоэлектронного вооружения, использование новых энергетических установок, установка новых образцов вооружения и мореходность до 4 баллов. Благодаря этому катера проекта способны обеспечить выполнение широкого спектра задач, но основное назначение катеров проекта 21980 «Грачонок» – борьба с диверсионно-террористическими силами и средствами противника в акваториях пунктов базирования ВМФ.